Dat EMDR werkt bij trauma's lijdt geen twijfel. Er bestaan inmiddels meer dan 23 gecontroleerde onderzoeken naar de effectiviteit van EMDR. Dit maakt EMDR op dit moment de meest geëvalueerde behandeling op het gebied van trauma. Kort geschetst houdt de geprotocolleerde behandeling het volgende in:

De therapeut zal vragen aan de nare belevenis terug te denken inclusief de bijbehorende beelden, gedachten en gevoelens. Eerst zal zoveel mogelijk informatie over de traumatische beleving verzameld worden. Gevraagd zal worden om de traumatische ervaring 'hier en nu' op te roepen en de emotionele lading te ervaren en gevoelsmatig te kwalificeren.
Dan zal het verwerkingsproces gestart gaan worden. Dit informatie verwerkingssysteem' in de hersenen wordt gestimuleerd door met de ogen de hand van de therapeut te volgen of door bilaterale audio stimulatie (klikjes via de koptelefoon).

De EMDR procedure brengt doorgaans een stroom van gedachten en beelden op gang, maar soms ook gevoelens en lichamelijke sensaties. De cliënt wordt na elke set oogbewegingen gevraagd zich te concentreren op de meest opvallende verandering, waarna er een nieuwe set volgt. De aangeboden sets oogbewegingen of geluiden zullen er langzamerhand toe leiden dat de herinnering haar kracht en emotionele lading verliest. Het voordeel van EMDR is dat de traumatische ervaring niet verteld hoeft te worden en dat de herbeleving plaatsvindt onder begeleiding van een vakbekwame therapeut in een veilige omgeving.